estaban tosiendo
-they/you were coughing
Imperfecto progresivo para el sujeto ellos/ellas/ustedes del verbo toser.

toser

Pero también encontraron el virus en 8 de las 23 muestras que tomaron cuando las personas no estaban tosiendo.
But they also found infectious flu virus in eight of the 23 samples without any coughing.
Como se esperaba, los investigadores encontraron varias partículas virales en las muestras que tomaron cuando los voluntarios estaban tosiendo.
As expected, the researchers found plenty of infectious viral particles in the samples taken while volunteers were hacking up a storm.
Palabra del día
la guirnalda